Erklärt: Fünf Schritte zum Nachweis des Coronavirus (COVID-19)

Der Prozess wurde The Indian Express von Dr. V. Ravi, Senior Professor & Head, Department of Neurovirology, NIMHANS, erklärt.

In dieser Abbildung vom 17. März 2020 ist Kunstblut in Reagenzgläsern zu sehen, die mit dem Coronavirus (COVID-19) gekennzeichnet sind. (Reuters)

Dr. V. Ravi, Senior Professor und Leiter der Abteilung für Neurovirologie, NIMHANS, erklärt den Prozess des Nachweises des Coronavirus zu Diese Internetseite . Hier sind die fünf Schritte:

Abholung und Transport

Das Testzentrum entnimmt Abstriche aus Nasenhöhlen und Rachen (Rachen) und legt die Proben in ein Virustransportmedium, das ausgewogene Salze und Albumin enthält, um eine Auflösung des Virus zu verhindern. Die Probe wird dann in einem Kühlhaus zum Testlabor transportiert.

Extraktion viraler RNA

Coronaviren wie das SARS-CoV (das 2002-03 in China auftauchte), das MERS-CoV (das 2012 in Saudi-Arabien auftrat) oder das aktuelle SARS-CoV-2, das die COVID-19-Pandemie verursacht hat, haben große , einzelsträngige RNA-Genome. Das Testlabor extrahiert die RNA aus den Proben mit kommerziell erhältlichen Kits (wie denen von Unternehmen wie QIAGEN).

Die RNA in DEN PCR-Mix geben

Extrahierte RNA wird einem Polymerase-Kettenreaktions(PCR)-Mix zugesetzt. Dazu gehört auch der „Mastermix“, der ein „Reverse Transkriptase“-Enzym enthält, das die RNA in DNA umwandelt. Der Mastermix enthält Taq-Polymerase, das Enzym, das Kopien der DNA, Nukleotide sowie andere Elemente wie Magnesium erstellt, von denen ein Ion zur Amplifikation der DNA benötigt wird.

Der PCR-Mix enthält auch „Reagenzien“ wie „Primer“ und „Sonden“. Primer sind bestimmte DNA-Stränge, die dazu bestimmt sind, an die zu kopierende DNA zu binden; Sonden werden verwendet, um die spezifische Sequenz in der DNA-Probe nachzuweisen. Die WHO hat spezifische Primer und Sonden zum Testen auf COVID-19 empfohlen.

Schließlich besteht der PCR-Mix aus einem Housekeeping-Gen – einem normalen menschlichen Gen (RNase P), das verwendet wird, um sicherzustellen, dass die Proben ordnungsgemäß gesammelt und die RNA extrahiert wird.

Amplifikation der viralen DNA

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Die Probe wird in ihrer PCR-Mischung in Röhrchen oder Platten gefüllt, die dann in eine Thermocycler-Maschine gegeben werden, die zur Durchführung des PCR-Prozesses verwendet wird.

Zunächst wird die RNA in DNA umgewandelt. Dann beginnt der Prozess des Kopierens der Gene. Der Thermocycler erhitzt und kühlt die Mischung mit der Probe abwechselnd mit drei Temperaturen – zum Schmelzen der DNA, um die beiden Stränge zu trennen, damit der Primer an die DNA bindet und um einen neuen Strang zu synthetisieren – alles innerhalb eines Zyklus, der a . dauert Minute. Der Thermocycler führt 30-40 solcher Zyklen durch, um die DNA zu amplifizieren, um auf das Virus zu prüfen.

Testen gegen Kontrollen

Die amplifizierte DNA wird gegen eine Positivkontrolle getestet, die normalerweise aus Genen des Virus besteht, die in ein Plasmid kloniert wurden, und eine Negativkontrolle, bei der es sich um eine „bekannte“ Probe handelt, die zuvor negativ auf das Virus getestet wurde.

RNase P sollte eine Amplifikation zeigen, die Positivkontrolle sollte positiv sein, die Negativkontrolle sollte negativ sein, und dann ist jedes Ergebnis, das Sie für die Probe erhalten, das richtige Ergebnis, sagte der Neurovirologe Dr. V. Ravi. Damit ein Test gültig ist, bevor das Ergebnis veröffentlicht wird, müssen bestimmte „Gültigkeitskriterien“ erfüllt sein.

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Wenn das Housekeeping-Gen (RNase P) positiv ist, die Positivkontrolle positiv ist, die Negativkontrolle negativ ist und die Probe kein positives PCR-Ergebnis zeigt, wird die Probe für die SARS-CoV-2-Virus-RNA als negativ erklärt. Wenn das PCR-Ergebnis positiv ist, hat der Patient COVID-19.

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